ทุกวันนี้เราตรวจวินิจฉัยหาผู้ติดเชื้อด้วยวิธี real time PCR เป็นวิธีการตรวจที่มีความละเอียดและความไวสูงมาก เป็นการตรวจหา RNA ส่วนหนึ่งของไวรัสเท่านั้น ไม่ได้ตรวจไวรัสทั้งตัว
การตรวจพบ จึงแยกไม่ได้ว่าไวรัสนั้นยังมีชีวิตหรือไม่มีชีวิต สามารถแพร่กระจายโรคได้หรือไม่ได้
และไม่ได้บอกความรุนแรงของโรค
โดยทั่วไปการจะบอกว่าไวรัสมีชีวิต จะทำได้โดยเพาะเชื้อ culture ดูว่าไวรัสแบ่งตัวเพิ่มจำนวนได้หรือไม่
ส่วนใหญ่ไวรัสจะยังมีชีวิตอยู่ในช่วงก่อนมีอาการ และหลังมีอาการแล้วระยะหนึ่งอาจจะเป็น 7-10 วัน หลังจากนั้นโอกาสที่จะแพร่กระจายโรคก็จะเริ่มลดลง แต่จะยังตรวจพบ RNA ของไวรัสอยู่ได้อีกระยะหนึ่ง ในบางรายอาจอยู่นานเป็นเดือน หลายคนเรียกว่า ซากไวรัส
ในการตรวจการติดเชื้อ โควิด 19 ในปัจจุบันยังใช้ PCR เพราะถือเป็นวิธีที่ไวที่สุดและง่ายกว่าการเพราะเชื้อเลี้ยงไวรัส
การตรวจด้วย PCR สามารถบอกเชิงปริมาณ โดยดูค่า Ct หรือ cycle threshold เป็นตัวเลขที่บอกถึงการขยายปริมาณ virus ไปกี่รอบแล้วจึงจะตรวจพบ
ถ้ามีไวรัสน้อย ต้องขยายจำนวนมากจึงจะตรวจพบ Ct ก็จะสูง
ทั่วไปแล้ว ขยายเกิน 30 รอบหรือค่า CT เกินกว่า 30 จะมีไวรัสจำนวนน้อยโอกาส แพร่กระจายโรคก็น้อย ถ้าขยายถึง 40 รอบแล้วยังตรวจไม่พบ ก็ถือว่าไม่มีไวรัส หรือผลเป็นลบ
ผู้ป่วยส่วนใหญ่ที่อยู่ใน state quarantine จะมีปริมาณไวรัสค่อนข้างน้อย และไม่ค่อยมีอาการของโรค
อย่างไรก็ตามก็ยังมีผู้ป่วยอีกจำนวนหนึ่ง ที่ไม่มีอาการแต่มีปริมาณไวรัสมาก หรือมีค่า Ct ต่ำ
บุคคลเหล่านี้จะมีโอกาสแพร่เชื้อได้สูงดังที่เราเห็นใน super spreader
การตรวจด้วย PCR เมื่อมีความไวสูงก็มีโอกาสที่จะเกิดผลบวกปลอมได้ โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีค่า Ct ใกล้ 40 หรือมากกว่า 35 เช่นผู้ป่วยรายหนึ่งการตรวจ 3 ห้องปฏิบัติการ 4 วิธีให้ผลลบ แต่อีกห้องปฏิบัติการ 1 ให้ผลบวก จะแปลผลอย่างไร ในทางปฏิบัติจะเอาแอนติบอดีมาช่วย และวิธีติดตามคนไข้ มากกว่ายึดถือกระดาษแผ่นเดียว